Zu den vorrangigen Aufgaben des Botanischen Gartens Jena zählen:

• die Mitarbeit am akademischen Unterricht,
• das Weiterführen botanischer Forschung,
• der Erhalt floristischer und genetischer Vielfalt,
• die Kultur einer breiten Palette von Arten, sowie seltener und gefährdeter Pflanzen

Durch seine zentrale Lage kommt dem Garten zudem eine wichtige Funktion als touristischer Anziehungspunkt und als „Grüne Lunge“ bei der Verbesserung des Stadtklimas zu. Auf 4,5 ha Grundfläche werden in Frei- und Gewächshausanlagen ca. 12.000 Pflanzenarten aus wichtigen Vegetationseinheiten der Erde kultiviert.